學校于1939年起源于云南大學林學系。1958年8月，農學系和林業(yè)系與云南大學分離，昆明農林學院成立。學校位于昆明市北郊黑龍灘。經過幾輪分離，以云南省林業(yè)學院為基礎，云南林學院成立于1973年，由原林業(yè)部直接領導，全國學生開放。
學校位于安寧市溫泉鎮(zhèn)。北京林學院于1978年決定搬回北京。前國家教育委員會和國家林業(yè)局批準云南林業(yè)學院在原校區(qū)建立獨立學校，繼續(xù)辦學。 1983年10月，云南省林業(yè)學院經原林業(yè)部批準，更名為西南林學院。



1981年，成為國務院批準的第一批碩士學位授予單位。原林業(yè)部于1985年批準西南林學院搬遷，1990年遷至現(xiàn)址學校（云南省昆明市白龍寺300號）。自2000年9月以來，西南林學院以云南省為主體，已納入云南省經濟建設，社會發(fā)展和高等教育發(fā)展總體規(guī)劃，享受與省級大學相同的政策和相關待遇。?
2008年，國家林業(yè)局發(fā)布了一份文件，支持西南林業(yè)大學作為西南林業(yè)大學; 2009年，國家教育部同意在西南林學院的基礎上建立西南林業(yè)大學; 2010年3月18日，國家教育部正式同意西南林學院。更名為西南林業(yè)大學; 2010年5月18日，西南林業(yè)大學正式成立。 2011年，昆明理工大學白龍校區(qū)正式移交給西南林業(yè)大學。 2013年，它被批準為博士學位授予單位。

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